O ciclo do azoto é um processo químico natural, através do qual toxinas perigosas são convertidas em substancias menos nocivas e mesmo úteis, criando um meio aquático viável. Este ciclo atravessa três fases principais. Primeiro, as proteínas decompõem-se formando amoníaco (NH3), que é altamente tóxico. As fontes dessas proteínas são os excrementos dos peixes, expelidos pelo ânus, as trocas gasosas ocorridas na respiração, e a matéria orgânica em decomposição (bactérias, plantas, restos de comida, peixes mortos). Se o ciclo funcionar correctamente, o amoníaco será convertido em nitritos (NO2-), também tóxicos para a fauna, mas que se converterão nos mais benéficos nitratos (NO3-). Estes serão consumidos pelas plantas como fertilizantes, que no seu desenvolvimento fornecem nutrientes e oxigénio, completando assim o ciclo. 





